Layanan referensi berfungsi untuk memberikan informasi berupa sumber rujukan umum kepada pemustaka yang membutuhkan. Layanan referensi ini memiliki koleksi berupa ensiklopedia, kamus, jurnal , skripsi, tesis dan lain sebagainya.

Yang membedakan antara layanan koleksi sirkulasi dan layanan koleksi referensi adalah koleksi referensi tidak dipinjamkan kepada pemustaka, pemustaka hanya diperkenankan membaca diruang yang disediakan dan apabila menghendaki memfotokopi beberapa dokumen atau informasi yang dibutuhkan maka pemustaka harus izin terlebih dahulu kepada pustakawan yang bertugas.

Koleksi referensi di perpustakaan UPY cukup lengkap dan beragam sehingga diharapkan dapat memberikan informasi yang berguna dan relevan bagi kebutuhan pemustaka. didukung dengan suasana ruangannya yang tenang dan nyaman akan menambah pemustaka betah didalamnya.